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Y染色体基因通常通过父系稳定遗传，代际传递不受代数限制，但可能因突变、自然选择或遗传漂变影响特定基因的存续。
Y染色体为男性特有，以近乎完整的单倍体形式从父亲传给儿子。其基因传递遵循严格的父系遗传规律，理论上可无限延续。SRY等核心基因在性别决定中起关键作用，这类功能基因通常高度保守。
每代约有0.8×10⁻⁹碱基对突变率，Y染色体非重组区域易积累突变。微缺失可能导致AZF基因区域不育，这类突变可能中断特定Y基因的传递。基因检测可发现DAZ、RBMY等生殖相关基因的变异。
涉及精子发生的USP9Y基因若发生有害突变，会因生育力下降被自然选择淘汰。相反，某些抗疟疾相关的Y染色体单倍型在疟疾流行区具有选择优势，促进特定基因高频传递。
通过STR标记分析显示，成吉思汗疑似Y染色体单倍型在16代后仍存在于0.5%亚洲男性中。现代基因检测可追溯Y染色体单倍群，如汉族常见的O2a1c-002611分支。
辅助生殖技术可能改变自然遗传规律，Y染色体微缺失患者通过ICSI技术生育可能传递缺陷基因。基因编辑如CRISPR技术未来或可修复致病Y基因突变。
保持规律运动如每周3次有氧运动可改善精子质量，地中海饮食富含抗氧化剂有助于维持Y染色体稳定性。避免高温环境与化学毒物接触，定期精液分析可监测Y染色体相关生育功能。备孕前Y染色体微缺失筛查对存在家族不育史的男性尤为重要，必要时可考虑胚胎植入前遗传学诊断技术阻断缺陷基因传递。
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