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性取向的形成涉及遗传因素、激素水平、大脑结构差异、环境互动等多重复杂机制，目前尚无单一决定论。
双胞胎研究表明同卵双胞胎性取向一致性高于异卵双胞胎，X染色体Xq28区域可能与男性同性恋倾向相关。全基因组关联分析发现SLITRK6基因可能影响性取向发育。遗传因素约占性取向差异的30%-50%，但不存在绝对"同性恋基因"。
产前睾酮水平异常可能改变胎儿大脑性别分化，男性同性恋者指纹纹路更接近女性模式。女性先天性肾上腺增生症患者因雄激素过高，出现同性恋倾向概率增加3-5倍。激素对下丘脑性别二态核团的塑造作用已被动物实验证实。
男性同性恋者下丘脑INAH3核团体积与异性恋女性接近，胼胝体形态存在性别非典型特征。fMRI显示面对性刺激时，同性恋者大脑激活模式与异性恋同性别人士不同。这些神经结构差异在青春期前就已存在。
出生顺序效应显示每多一个哥哥，男性成为同性恋概率增加33%，可能与母体免疫反应有关。童年性别不一致行为能预测成年性取向，但社会文化压力可能改变行为表达。家庭教养方式不会改变核心性取向。
表观遗传学发现DNA甲基化模式可能介导环境对性取向的影响。性取向存在流动性，尤其双性恋者可能随年龄变化。现代研究更倾向用"连续谱"而非二元分类描述性取向多样性。
性取向形成机制复杂，日常保持均衡饮食有助于神经发育，规律运动可调节激素水平，避免过度压力促进心理健康。大豆异黄酮、深海鱼油等食物可能影响激素代谢，瑜伽和冥想帮助缓解性认同焦虑。发现性取向困惑时，建议寻求专业心理咨询而非强行改变。
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