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亲子鉴定结果并非绝对准确，可能存在极少数误差。亲子鉴定主要通过DNA比对技术判断亲缘关系，准确率通常超过99.99%，但受样本质量、技术局限或人为因素影响，仍存在极低概率的偏差。
目前主流的STR检测技术对基因位点的分析已高度精准，但若样本存在污染、降解或近亲婚配等情况，可能干扰结果判定。例如，当被检测者存在嵌合体现象或近期接受过骨髓移植时，其DNA样本可能出现异常。实验室操作失误或数据分析错误也可能导致报告偏差，但这类情况在正规机构中极少发生。
特殊情况下，同卵双胞胎的DNA几乎完全一致，常规亲子鉴定无法区分。某些基因突变或罕见遗传模式也可能影响判定，需采用更复杂的全基因组测序技术辅助分析。部分海外研究曾报道过因基因重组或技术缺陷导致的误判案例，但均属极端个例。
选择具有司法资质的鉴定机构可最大限度保证准确性，这类机构需通过实验室认证并采用双人复核机制。若对结果存疑，可申请重新采样检测或增加检测位点。日常生活中应妥善保存样本避免污染，检测前避免输血或骨髓移植等医疗操作。对于存在特殊遗传病史的家庭，建议提前与遗传咨询师沟通，必要时结合家族基因图谱进行综合判断。
