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a、造成病人思想负担过重。生殖器疱疹是一种性病，外界有很多人对于这个疾病都有恐惧的心态，所以得了生殖器疱疹，从心理上来说，生殖器疱疹的发生和复发会造成病人思想负担过重，出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性生活、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。
b、引起并发症。生殖器疱疹的危害不仅仅是心理上的还有身体上的，因为生殖器疱疹可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症，部分生殖器疱疹HSV1可能经周围神经沿神经轴转入三叉神经节，HSV-2则转入骶神经节长期潜伏于神经细胞内，如机体受到创伤、高热、过敏等原因引起感染和复发时，会并发腰髓部神经炎、脊髓炎，出现臀部及下肢放射性疼痛、膀胱麻痹等症。
c、与其他泌尿系统疾病混合感染。生殖器疱疹常与其他性传播疾病，如淋病、非淋菌性尿道炎、生殖器疱疹、滴虫等混合感染，在诊治中应该加以重视。
d、导致流产和新生婴儿死亡。传染给孕妇则可致流产、死产以及新生儿的死亡，孕妇患生殖器疱疹还影响优生优育，可能会引起子宫内感染和新生儿疱疹感染，导致流产、死产、新生儿死亡或发生严重后遗症。约半数以上的新生儿疱疹患者会死亡或遗留中枢神经系统的后遗症。
