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非淋菌性尿道炎一般需要7-14天完成治疗，实际疗程受感染程度、病原体类型、用药敏感性、患者免疫力及是否规范用药等因素影响。
轻度感染仅尿道轻微分泌物可能7天即可控制症状；中重度感染伴随尿痛、盆腔不适常需10-14天。衣原体感染疗程通常较短，支原体感染可能需延长至2周。治疗期间需复查病原体载量评估效果。
沙眼衣原体感染多采用多西环素7天方案；解脲支原体可能对四环素类耐药，需换用阿奇霉素或莫西沙星。混合感染如合并淋球菌需联合用药并延长疗程至14天。
初始经验性用药若3天后症状无改善，需根据药敏试验调整方案。大环内酯类耐药率升高地区，可能需改用氟喹诺酮类，此时疗程可能延长3-5天。
糖尿病患者或免疫抑制人群代谢药物速度较慢，需适当延长疗程。反复发作者需排查伴侣同治情况，必要时进行14天强化治疗。
漏服药物易导致病原体清除不彻底，可能需重启14天疗程。完成全部疗程后，建议间隔3周复查PCR确认病原体转阴。
治疗期间建议避免辛辣刺激饮食，每日饮水2000ml以上促进排尿冲洗尿道。暂停性行为直至双方复查阴性，贴身衣物需沸水消毒。可适量补充维生素C增强黏膜修复，但需与抗生素间隔2小时服用。恢复期出现尿道瘙痒属正常现象，若持续发热或腰痛需立即复诊排除上行感染。
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