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西地那非主要用于治疗男性勃起功能障碍和肺动脉高压，其作用机制是通过抑制PDE5酶来增强血流。
西地那非是治疗勃起功能障碍的一线药物，通过选择性抑制阴茎海绵体内的PDE5酶，促使环磷酸鸟苷浓度升高，从而松弛平滑肌并增加血流。临床常用剂量为50mg，性活动前1小时服用，效果可持续4-6小时。需注意与硝酸酯类药物联用会导致严重低血压。
作为肺动脉高压的靶向治疗药物，西地那非能选择性扩张肺血管，降低肺动脉压力。治疗肺动脉高压时需采用20mg每日三次的长期给药方案，可改善患者运动耐量和心功能分级。2011年已被列入WHO肺动脉高压治疗指南。
在高海拔地区，西地那非可通过调节肺血管张力预防和治疗高原肺水肿。建议攀登海拔3000米以上时，提前服用50mg每8小时一次。研究显示该用法可使血氧饱和度提升8%-12%，有效缓解呼吸困难症状。
对于系统性硬化症等疾病引发的雷诺现象，小剂量西地那非10mg每日两次能改善末梢循环。其血管扩张作用可减少手指苍白发作频率，临床观察显示持续用药4周后症状缓解率达67%。
近年研究发现西地那非对伴有下尿路症状的前列腺增生有效。25mg每日一次可同时改善国际前列腺症状评分和勃起功能，作用机制可能与膀胱、前列腺平滑肌松弛有关。但需注意可能加重体位性低血压。
使用西地那非期间建议避免高脂饮食影响吸收，服药后避免剧烈运动防止体位性低血压。常见不良反应包括头痛12%、面部潮红10%、消化不良7%，持续4小时以上勃起需立即就医。存储需避光防潮，25℃以下保存。肺动脉高压患者用药期间需定期监测心功能和动脉血气。
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