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两个人交换菌群主要通过亲密接触、共用餐具、母婴传播等途径实现，涉及口腔、皮肤、生殖道等部位的微生物传递。
接吻、性行为等直接皮肤黏膜接触是菌群交换的主要方式。口腔中含有700多种细菌，10秒深吻可转移约8000万细菌；性行为中生殖道菌群会相互影响，可能改变双方微生态平衡。保持良好卫生习惯，避免高危性行为，必要时使用安全套可减少致病菌传播。
共用餐具或食物会导致唾液细菌传播，如幽门螺杆菌可通过筷子传播。建议分餐制，定期消毒餐具，避免咀嚼喂食。感染幽门螺杆菌需进行四联疗法奥美拉唑+克拉霉素+阿莫西林+铋剂。
分娩时产道菌群、母乳喂养是婴儿菌群主要来源。剖宫产婴儿可补充益生菌双歧杆菌、乳酸菌，母乳含600多种细菌，建议至少纯母乳喂养6个月。产妇阴道菌群异常需提前治疗，预防新生儿感染。
同居者会共享室内微生物，床单、毛巾等物品每平方厘米含百万细菌。每周用60℃热水清洗寝具，使用含氯消毒剂清洁卫生间。免疫力低下者需特别注意，可补充鼠李糖乳杆菌调节肠道菌群。
粪菌移植用于严重菌群失衡治疗，需严格筛查供体。健康人群可通过共食发酵食品酸奶、泡菜促进有益菌交换，每日摄入30克膳食纤维滋养共生菌。避免滥用抗生素，必要时联用布拉氏酵母菌预防菌群紊乱。
日常增加洋葱、大蒜等益生元食物摄入，规律进行有氧运动每周150分钟快走可提升菌群多样性。伴侣间适度菌群交换有助于免疫系统训练，但出现持续腹泻、阴道瘙痒等症状需就医检测。注意口腔护理每日刷牙2次+牙线，生殖道健康人群避免过度冲洗，维持原有微生态平衡更重要。
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