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器质性疾病通常比功能性疾病更严重，前者伴随组织结构损伤，后者多为生理功能紊乱。器质性病变需优先排除恶性肿瘤、器官衰竭等风险，功能性异常可通过调整生活方式改善。
器质性疾病存在肉眼或显微镜下的组织损伤，如心肌梗死、肝硬化；功能性疾病无器质改变，如肠易激综合征。前者需影像学或活检确诊，后者依赖症状评估。
器质病变常需手术如肿瘤切除、血管支架或长期药物控制如降压药；功能性异常可采用胃肠动力调节剂、抗焦虑药等对症治疗，部分能自愈。
器质性病变可能导致不可逆损伤如脑卒中后遗症，功能性症状如早泄通过行为训练可恢复。但功能性心脏病猝死风险提示不能绝对化判断。
CT/MRI对器质病变检出率超90%，功能性诊断需排除法。例如ED患者需先查血管造影排除动脉硬化，再评估心理因素。
长期功能性障碍可能演变为器质病变，如慢性胃炎导致胃癌。器质性疾病也常伴随功能异常，如糖尿病患者易发勃起功能障碍。
饮食上器质病变需低盐低脂如地中海饮食，功能性腹胀避免产气食物；运动建议器质性疾病患者选择太极拳等低强度运动，功能性腰痛可进行核心肌群训练。护理重点包括器质病变的体征监测如血糖记录和功能性疾病的情绪管理如正念冥想。两类疾病都需定期复查，器质性病变随访间隔通常更短。
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