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传染性越强，身体免疫系统受到抑制，疾病越难治愈，可长期复发。最后，有可能导致癌症。约15%的宫颈尖锐湿疣、10%的外阴和肛周尖锐湿疣可发展为恶性肿瘤；18%的阴茎癌和9%的女性阴癌是由尖锐湿疣引起的。
如果尖锐湿疣不及时治疗，它会不断生长，增大，数目增多，也可相互融合呈乳头状、鸡冠状、鹅卵石状、菜花状等外观，大小不等，可长成巨大的尖锐湿疣疣体。常有瘙痒及压迫感，若合并细菌感染可有恶臭。压迫临近的组织器官出现相应的压迫病状。
(一)HpV与皮肤肿瘤的发生有关：它似乎对皮肤癌等解剖部位的肿瘤起着决定性的作用。口腔良性赘生物和癌前病变，皮肤鳞状细胞癌组织中可发现HpV-11、16、18型DNA，曾报道喉部HpV-6乳头瘤恶变成喉癌，皮肤疣状表皮发育不良(EV)是HpV潜在致癌作用的证据，EV多种皮损发现HpV型DNA，并在患者皮肤鳞状细胞癌中检测到HpV-5、8、14、17、20型，皮肤鳞状细胞癌似乎是由现有的病毒损伤引起的。
(2)尖锐湿疣和肛门生殖器癌:生殖器癌和生殖器癌HpV类型有一定的关系。利用DNA杂交技术发现生殖器癌组织存在HpV-6、11、16、18型等。
宫颈癌：根据HpV与宫颈癌的关系可分为两类：低风险主要是指HpV-6、11型，高危型是指HpV-16、18型，Gissmann侵袭性宫颈癌中有57种.4%的病人存在HpV-其他学者也型，其他学者也有同样的发现。其他人从侵袭性宫颈癌中分离出来。HpV-33和35型。
皮肤鳞状细胞癌(SCC):HpV由感染引起的CA也可能是癌前损伤，可发展成肛门生殖器SCC，这表明HpV是女阴、阴茎和肛门生殖器SCC重要因素。CA，巨大CA和疣状SCC形成生殖器癌前病变和癌症损伤病谱，其周围皮肤有一些生殖器癌病例CA存在，有时肉眼是典型的CA，但在组织学检查中发现SCC的孤立病灶。
鲍温样丘疹病：常见于阴茎、女阴或肛门周围，在皮损中发现HpV-16型DNA。
