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80%以上的流产发生在妊娠12周以内，随后流产率迅速下降。至少半数以上早期流产是由胚胎染色体异常所致。自然流产风险随产次、父母年龄增加而升高。
准妈妈和准爸爸如果有染色体的变异都会遗传给宝宝，基因突变成为自然流产的最主要的元凶。最明显的是头3个月内的流产，一半是由于胚胎的染色体异常造成的。包括：数目异常：多见三体、X单体、三倍体等;结构异常：多为染色体断裂、倒置、缺失或易位。流产成为染色体异常胚胎的多数结局，只有极少数的可能继续发育成胎宝宝，但出生后也会发生畸形或有功能缺陷。
如果准妈妈曾输过血，或在妊娠过程中产生和血型不合的致凝因子，就会使胎宝宝发生凝集和溶血，从而引起流产。准妈妈和胎宝宝的血型不合主要有两种：Rh型母儿血型不合：当母亲的血型为Rh阴性，胎宝宝为Rh阳性时，一旦胎宝宝血液进入母亲体内，母亲因Rh抗原致敏产生抗体，此抗体经胎盘进入胎宝宝血液引起溶血，可造成胎宝宝黄疸、贫血、肝脾肿大和心衰竭等;ABO型血型不合;当准妈妈为O型血，胎宝宝为A型或B型血时，准妈妈体内可产生抗A或抗B抗体，随血液进入胎宝宝体内就可产生溶血。最好去医院诊断后选择用中药治疗。
准妈妈若患有流感、伤寒、肺炎等急性传染病，细菌毒素或病毒(如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等)通过胎盘进入胎宝宝体内，使胎宝宝停止发育导致流产。高热可引起子宫收缩而导致流产。准妈妈如患有重度贫血、心力衰竭、慢性肾炎或高血压等慢性病，会因胎盘梗塞及子宫内缺氧而使胎宝宝畸形，从而导致流产。还有一些情况并不常见，如准妈妈患有严重疾病的时候，引发严重的营养不良，有可能使胚胎无法持续发育，最终导致流产。
准妈妈若是子宫畸形(如双角子宫、子宫纵隔及子宫发育不良等)均会影响胚胎着床和发育不良而导致流产;子宫内口松驰或宫颈深度裂伤都会引起胎膜早破而发生晚期流产。初次孕检特别重要，因为通常在初次孕检中，利用妇科窥器检查，就可以了解准妈妈阴道、宫颈情况，排除准妈妈生殖器官发育异常的可能。如果查出有异常，准妈妈就应该遵循医嘱，及早处理。否则如果被动流产，对准妈妈的身体损伤会更大。
胎宝宝主要通过胎盘吸收母体的营养物质，如果胎盘发育不良或出现疾病，胎宝宝就会因得不到营养物质而停止生长引起流产。内分泌的异常会使胎盘受到严重影响：黄体功能不足往往影响蜕膜、胎盘而发生流产;孕激素分泌不足时，会使子宫蜕膜发育不良，从而影响受精卵的发育引起流产;前列腺素增多，会引起子宫肌肉的频繁收缩，也会导致流产;甲状腺功能的减退，会使细胞氧化能力产生障碍，进而影响胚胎的生长发育而导致流产。
准妈妈有过引产史的流产发生率将增加10倍。引产次数越多，未来妊娠流产的可能性就会更大;有过人工流产、带宫内节育器及口服避孕药史者，流产发生率也会有所增加。通常医生会建议做过人流手术之后至少一年半后再准备怀孕，做过药流至少一年后再怀孕。如果长效口服避孕药，要停药3到6个月后再计划怀孕，口服短效避孕药停药以后要恢复一次月经才可以怀孕。
受精卵异常是早期流产的主要原因，在妊娠头两个月的流产中，很大一部分是由于精子和卵子有某种缺陷，以致使胚胎发育到一定程度而终止。有关研究显示，大约有10%～15%的准爸爸的精液中含有一定数量的细菌，这有可能影响胚胎发育，最终导致流产。少精症是因精子数量少，与卵子相遇的机会就少;精子畸形在某种程度上表现为精子内遗传物质异常，如大头精子多为双倍体精子，双倍体精子受孕，胚胎为多倍体，因而发生流产。
当准妈妈妊娠期特别是妊娠早期，受到外力的撞击、挤压、跌倒、参加重体力劳动、做剧烈的体育运动、进行腹部手术或阑尾炎，也会引起子宫收缩而造成流产。过度紧张、焦虑、恐惧、忧伤等精神创伤也会引起子宫收缩而导致流产。准妈妈的家人应特别注意，如果在孕期有亲朋去世，家人应尽量安抚准妈妈，并适时用其他事情转移准妈妈的注意力，以免其过度悲伤而导致流产。
准妈妈若是酗酒，乙醇会直接对胎宝宝造成伤害，还会干扰胎盘和胎宝宝血液循环导致胎宝宝死亡而流产;大量吸烟(包括被动吸烟)会使胎盘血液流量减少，也可使得体内激素水平发生复杂变化，二者均可导致胎宝宝宫内发育迟缓或流产。为了胎宝宝的健康，妈妈是否该考虑早早改变一下自己的不良习惯了?
不良环境因素很多，可以直接或间接对胚胎或胎宝宝造成损害。过多接触有害化学物质(如砷、铅、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等)及放射性物质，可导致胚胎基因发生突变致胎宝宝死亡而流产，也就是说，准妈妈应该尽量少在新装修的房间里，也尽量少去污染严重的工地、化学实验室、医院的放射科等地方。严重的噪音和震动、高温环境等也会导致胎盘意外损伤而造成流产，如果准妈妈工作在高噪音、震动、高温环境中，应该尽早调动工作或请假休息。
科学技术发展至今天可以说是日新月异，但就现在的检测技术而言，目前仍然大约有30%的流产还找不出致病因素，称为原因不明性流产。但准妈妈一定不要因此而紧张，其实能碰上不明原因流产的几率非常低，保持良好的情绪对保胎也非常重要。
